В 1862 году существовало три военных академии — Николаевская Генерального штаба, артиллерийская и инженерная.
Кроме того, в системе Военного министерства находилась и Медико-хирургическая академия, готовившая для армии медицинских и ветеринарных врачей и фармацевтов.
Серьезные изменения в постановке курса академии Генерального штаба произошли в 1865 году, когда в особых совещаниях под руководством военного министра Д. А. Милютина подвергся обсуждению профиль академии, были разработаны основы программных требований и постановка учебных занятий.
Уже на первом совещании Д. А. Милютин указал на необходимость серьезного переустройства курса, связав его с практическими задачами, стоящими перед офицерами Генерального штаба. В соответствии с этим было разработано новое положение об академии, и учебный план подвергся существенным изменениям. Все изучаемые предметы стали подразделяться на две группы: главные (тактика, стратегия, военная история, картография, топография) и вспомогательные (сведения из артиллерии и инженерной части, политическая история, иностранные языки).
Существовавшее наряду с общим геодезическое отделение получило своим назначением подготовку офицеров особого разряда — корпуса топографов. Число слушателей, принимаемых в академию ежегодно, было ограничено 50 офицерами, что признавалось вполне достаточным для нужд Генерального штаба.
С 1869 года ввиду увеличения требований к офицерам, оканчивающим академию, был введен дополнительный шестимесячный курс. Система преподавания была также существенно изменена. В частности, больше времени стало уделяться рассмотрению практической составляющей.
Некоторые изменения были произведены в Артиллерийской и Инженерной академиях. В начале 1863 года обе академии были отчислены от Главного управления военно-учебных заведений и подчинены: первая — артиллерийскому ведомству, вторая - инженерному. В соответствии с указаниями военного министра они должны были приобрести более специальный и вместе с тем практический характер, перестав представлять собою своеобразные «университетские факультеты военного образования».
Комплектование Артиллерийской академии, производившееся ранее из числа окончивших артиллерийское училище и специальные классы кадетских корпусов, было в корне изменено. С 1863 года в академию стали принимать лишь офицеров, прослуживших не менее двух лет в строевых должностях, причем окончившие академию направлялись исключительно в артиллерию. В то время как раньше значительный процент окончивших академию не попадал в артиллерийские части.
Продолжительность обучения была установлена в три года. Контингент слушателей не должен был превышать 60 человек. Значительно изменен был учебный план, а также программы обучения. Качество преподавания в академии значительно повысилось. Профессора Н. В. Маиевский, А. Д. Гадолин и другие превратили академию в подлинный центр русской военно-технической мысли. Таким образом, академия превращалась в учебное заведение, готовившее высококвалифицированных специалистов в области артиллерийского дела, а отнюдь не строевых офицеров.
Николаевская инженерная академия также подверглась некоторой реорганизации. Как и в артиллерийскую академию, прием производился лишь из числа офицеров, прослуживших не менее двух лет в строю. Объем учебного курса был увеличен. Введен в преподавание ряд новых предметов, таких как стратегия, военная администрация и другое. В связи с этим возникла потребность увеличить продолжительность курса, ограниченного ранее двумя годами. С 1869 года был введен третий, дополнительный курс, рассчитанный первоначально на шесть месяцев, а затем на восемь. На дополнительный курс переводились лишь «старшие по средним баллам» не больше 20 человек, предназначавшиеся в военные инженеры, остальные же выпускались в строевые части инженерами войск.
В 1867 году была создана Военно-юридическая академия, ежегодный прием в которую был ограничен 25 человеками.
Таким образом, высшее военное образование обновилось, хотя некоторые недостатки, имевшие место еще до проведения реформы, остались.
В их числе и недостаточная подготовка, и малочисленность обучающегося офицерского состава, которого не хватало армии для нормальной жизнедеятельности, и отрыв слушателей от практики в сторону теории и другие.
Бобылев Д.В. Подготовка казачьих офицерских кадров в России в системе военного образования во второй половине XIX века. - Оренбург, 2010.