Будучи заинтересованной в стабилизации обстановки в Таджикистане Россия принимала на всех этапах эскалации конфликта активное участие в его урегулировании, добиваясь прекращения вооруженной борьбы и разрешения разногласий между противоборствующими группировками политическими средствами. Как и другие участники СНГ Россия поддерживает официальные власти Таджикистана, строя отношения с республикой в соответствии Российско-Таджикским Договором о дружбе, сотрудничестве и взаимной помощи от 25 мая 1993 г. (73).
Весной 1993 г, на территории Афганистан оппозиция сформировала Совет сопротивления - правительство в изгнании воглаве с Саидом Абдулло Нури, а летом вернула контроль над большой частью Гармской области Таджикистана. Оформилась Объединенная таджикская оппозиция (ОТО). Горно-Бадахшанская АО стала фактически независимой от Душанбе и создала собственные силы самообороны. Попытки центральной власти восстановить управление над АО оканчивались неудачей, а бои в районе Тавильдары (граница Бадахшана и остальной территории Таджикистана) периодически вспыхивают каждый год.
В начале 1993 г. Совет глав СНГ решил создать Коллективные миротворческие силы (КМС) в Таджикистане. В них в полном составе вошла российская 201-я мотострелковая дивизия. Узбекистан, Казахстан и Киргизия выставили всего по одному батальону (по 500 человек),
Весной 1994 г. после полугодичных усилий России и Ирана удалось начать процесс межтаджикского диалога. И. Рахмонов тем временем предпринял ряд шагов по легитимации своего режима: были проведены выборы в ВС, восстановлен институт президентства и принята новая Конституция В ответ на это оппозиция прервала переговоры и начала наступление в горных районах Гарма и особенно в Тавильдаре. Обстановка была настолько сложной, что возникла угроза потери городов Куляб и Курган-Тюбе. Ситуация осложнялась тем, что Ташкент пошел на прямые связи с руководством Бадахшана, ввел жесткий пограничный и таможенный режим на узбеко-таджикской границе и свернул военную помощь Душанбе. Однако в сентябре 1994 г. благодаря усилиям России и Ирана было подписано соглашение о прекращении огня.
Серьезный сдвиг в урегулировании вооруженного конфликта в Таджикистане произошел в июне 1997 г., когда в Москве президент Таджикистана и руководитель ОТО подписали Общее соглашение об установлении мира и национального согласия в Таджикистане. В общее соглашение вошли несколько документов, которые удалось подписать в предыдущие годы. Имеются в виду: мирное Соглашение и Протокол об основных функциях и полномочиях комиссии по национальному примирению от 23 декабря 1996 г., положение об этой комиссии от 21февраля 1997 г., а также протокол по военным проблемам и протокол о гарантиях исполнения подписанных ранее документов (74).