К середине XVII в. Аптекарский приказ из придворного ведомства превратился в общегосударственное учреждение. Он стал ведать снабжением аптек лекарственными средствами, приглашением на службу иноземных врачей, контролировать работу медицинского персонала, организовывать противоэпидемические мероприятия, собирать и хранить медицинские книги. В его ведении также находились аптекарские огороды, где выращивались лекарственные растения.
Важной заслугой Аптекарского приказа явилось создание медицинской службы в русской армии: в войска посылались лекари и лекарственные средства, создавались временные госпитали, проводилось освидетельствование солдат о пригодности их к несению военной службы. В результате врачебной экспертизы составлялись «дохтур-ские сказки», в которых указывалось, «какою болезнью кто скорбен» и «можно ль ему государеву службу служити».
Во второй половине XVII в. область деятельности Аптекарского приказа еще более расширилась. Он стал заниматься подготовкой лекарей (в том числе в созданной в 1654 г. первой медицинской школе) и проверкой знаний врачей и аптекарей, желавших получить в России право медицинской или аптекарской практики, врачебной экспертизой — всевозможными освидетельствованиями больных и увечных, контролем деятельности аптек и приготовлением лекарств для августейших и сановных пациентов, и даже пытался внести свою лепту в создание государственных больниц.
Расширение функций Аптекарского приказа повлекло за собой и увеличение штатов этого учреждения. Если в 1631 г. в составе Аптекарского приказа числилось всего 12 человек (8 докторов и лекарей, 2 переводчика, аптекарь, подъячий), то в 1681 г. штат приказа уже включал около 80 человек. Это были доктора, аптекари, лекари, окулисты, рудометы (специалисты по кровопусканию), костоправы, чепучинных дел мастера (венерологи), алхимисты (дистилляторы), травники, целовальники, часовых дел мастера, переводчики, дьяки и подъячие, истопники. Здесь же числились ученики лекарей и аптекарей. Наиболее привилегированное положение в Аптекарском приказе занимали доктора медицины, получившие университетское образование и имевшие соответствующий диплом.
Лекарями именовались врачи без университетского образования, прошедшие курс обучения у иностранных врачей и имевшие об этомписьменное свидетельство. Им доверялись кровопускания, лечение ран, несложные медицинские манипуляции, а лечение внутренних болезней — лишь в исключительных случаях. Некоторые лекари Аптекарского приказа имели собственные зелейные лавки, где продавались самые простые недорогие лекарства.
Состоявшие в Аптекарском приказе окулисты, специализировавшиеся на проведении глазных операций, также не имели университетского образования. Под руководством аптекарей занимались перегонкой спирта, получением эфирных масел, изготовлением настоек и ароматных вод. Переводчики (толмачи) обслуживали иностранных специалистов и занимались переводами на русский язык медицинской литературы.