Ознакомившись с деятельностью Медицинской коллегии, А.И. Васильев обнаружил, что она тормозит развитие отечественной медицины, о чем доложил императрице. Он пополнил состав коллегии русскими учеными, потребовал учета и рассмотрения присылаемых научных работ и подготовки к изданию книги «Записки русских врачей».
Почетными членами Медицинской коллегии были избраны профессор Н.М. Максимович-Амбодик, главный доктор флота А.Г. Бахерахт, академик Н.Я. Озерецковский, главный доктор карантинов на Украине Д.С. Самойлович, фармаколог профессор Г.Ф. Соболевский, активно принимавшие участие в работе коллегии.
Большую роль во всех преобразованиях сыграл член Медицинской коллегии с 1792 г. штаб-лекарь С.С. Андреевский, до 1799 г. являвшийся единственным постоянным штатным сотрудником Медицинской коллегии [4, с. 114-151].
При поддержке членов коллегии С.С. Андреевским была разработана серия проектов реформ в области организации медицинского дела в России, которые после обсуждения в Медицинской коллегии вносились А.И. Васильевым на высочайшее утверждение и неизменно получали поддержку императора Павла I.
В 1793 г. была составлена инструкция физикатам, ведавшим организацией медицинской помощи и санитарным делом в Петербурге и Москве, в которой были подробно изложены основы гигиены населенных мест, методы санитарного контроля и исследования продуктов питания, надзора за промышленными предприятиями, определены права и обязанности представителей органов государственного санитарного надзора. В 1794 г. С.С. Андреевским была разработана система мероприятий по обеспечению страны отечественным, а не привозным лекарственным сырьем.
Вопрос о реорганизации госпитальных школ обсуждался еще с начала 80-х годов XVIII в. В 1795 г. Медицинской коллегией был разработан документ «Предварительное постановление о должности учащихся и учащих», который стал первым шагом на пути перестройки медицинского образования и создания Медико-хирургической академии.
Официальной датой учреждения академии считается 18 декабря 1798 г. [11, с. 1-6], когда, согласно императорскому указу «Об устроении при главных госпиталях особого здания для Врачебного училища и учебных театров», на Выборгской стороне началось строительство здания для медицинского училища, надзор за возведением которого был возложен на Медицинскую коллегию.
Созданная на базе Петербургского главного врачебного училища Медико-хирургическая академия со временем приобрела всемирную славу крупнейшего центра медицинской науки и высшего медицинского образования в нашей стране. На рубеже XVIII-XIX вв. в ней обучались около 280 человек.