На рубеже XVIII — XIX вв. значительная часть душевнобольных ведомства приказов общественного призрения содержалась не в специализированных заведениях, а в смирительных домах и богадельнях. В первой половине XIX в. при приказных больницах стали создаваться специальные отделения, а также началось строительство психиатрических лечебниц.

К середине века больницы значительно превосходили по численности все другие приказные учреждения. Здания больниц в этот период в ряде случаев возводились благотворителями, а затем передавались в ведение приказов. Строительству новых больниц гражданского ведомства препятствовало нежелание городских властей брать на себя связанные с ним немалые расходы.

В результате министерской реформы 1802 г. приказы общественного призрения были подчинены Хозяйственному департаменту Министерства внутренних дел. Здесь утверждались сметы постройки и ремонта приказных зданий, рассматривались ежегодные отчеты о доходах и расходах приказов и их учреждений. В первой четверти XIX в. было создано 16 новых приказов. Организационная структура приказов в эти годы претерпела ряд изменений. Было сокращено число заседателей до одного от каждого сословия. Согласно указам Сената 1828-1829 гг., заседателями от купечества и крестьян могли избираться дворяне и чиновники [46, т. 6, с. 86]. Все заседатели получали жалованье.

Уже в 20-е годы XIX в. стало очевидным, что Медицинский департамент и Канцелярия генерал-штаб-доктора во многом дублируют друг друга, причем распоряжения этих подразделений Министерства внутренних дел очень часто противоречили друг другу. Для упорядочения их работы в 1828 г. была создана специальная комиссия по преобразованию медицинского управления гражданской медицинской частью под руководством Я.В. Виллие.

В конце 20-х годов XIX в. возникла угроза проникновения из Азии эпидемии холеры, однако принятие карантинных мер противоречило интересам внешней торговли. В 1827 г. министр внутренних дел B.C. Ланской отменил карантинные мероприятия в Сибири.