Многочисленными исследованиями было выяснено, что входящие в состав биогеоценозов виды объединяются сложными связями и зависимостями, действующими не только между как-либо непосредственно контактирующими видами, но и опосредствованно, через цепь видов, влияющих друг на друга.
Поэтому изменение в одном звене этих связей приводит к изменениям, подчас весьма значительным, в отдаленных звеньях. Так возникает единство и целостность биогеоценозов. В результате интеграции этих связей свойства биогеоценозов отличаются от свойств совокупности входящих в их состав популяций (лучше сказать ценопопуляций, ибо обычно сюда входит лишь часть от каждой популяции). На основе образующейся системы связей возникает способность биогеоценозов к саморегуляции, то есть к поддержанию наблюдаемого повсеместно относительного постоянства состава, структуры и функций. Правда, взгляды биологов на степень совершенства этой регуляции заметно расходятся. Сторонники крайнего совершенства организации биогеоценозов (экосистем зарубежных экологов) считают возможным уподоблять их в этом отношении организмам.
Основатель биогеоценологии академик В. Н. Сукачев подчеркивал, что биогеоценоз характеризуется специфическим способом взаимодействия всех его элементов и единством биогеоценотического процесса.
Отсюда следует вывод, что основным свойством биогеоценоза будет его специфическая роль в биогеохимических процессах, выражающаяся в особых, свойственных только данному конкретному биогеоценозу, путях превращения химических веществ и потока энергии, то есть в том, что составляет функцию биогеоценоза.
Интенсивные исследования биогеоценозов (экосистем) ведутся в настоящее время во всем мире. Трудности в создании общей теории функционирования биогеоценозов объясняются сложностью их организации. В решении этой задачи большое значение имеет выбор направления работы, которое более эффективно обеспечивало бы получение нужных результатов. На наш взгляд, таким направлением является то, которое мы называем функциональной биогеоценологией.