Плачевное состояние РККА во многом объяснялось политическими репрессиями, проводимыми Сталиным. В конце 30-х годов в результате массовых чисток, Красная Армия оказалась обезглавленной. И дело не только в том, что многие офицеры были казнены или сосланы в лагеря, но и в том, что такая участь постигла прежде всего лучших советских офицеров. Уцелевшие красные командиры оказались полностью неспособны подготовить армию к величайшему испытанию. В конце 30-х годов европейские армии отрабатывали навыки ведения механизированной войны. Красная Армия также имела в распоряжении современные виды военной техники: танки, радиостанции, грузовики.
Однако все технические новшества были бесполезны, поскольку наиболее талантливые и дальновидные командиры попали в мясорубку Большой Чистки, а постоянное политическое вмешательство партийных органов и чуть ослабшие, но не прекращающиеся, репрессии приводили к тому, что разрушалось даже то немногое из уже сделанного. Части, дислоцированные на Дальнем Востоке, избежали столь повальных арестов, какие были обычны для частей, входивших в состав европейских Военных округов, поэтому на востоке дела обстояли немного лучше, чем на западе.
Наиболее зримым доказательством вмешательства партийных органов в дела армии была должность комиссара. Каждая часть размером от батальона и крупнее имела кроме командира еще и комиссара. Такая система была введена во время Гражданской войны, чтобы обеспечить надлежащий надзор за кадровыми офицерами, которые прежде служили в царской армии. Комиссар давал свое разрешение на любой сколько-нибудь важный приказ командира части. Практически все комиссары абсолютно ничего не понимали в вопросах тактики и стратегии, от них только требовалась полная личная преданность ВКП(б) и товарищу Сталину.
Некоторые комиссары, понимая свою некомпетентность в военных вопросах, не совали нос в дела командира части, а ограничивались так называемым "политическим воспитанием" личного состава. Но многие политработники не стеснялись давать "ценные" указания командирам частей. Командирам ни чего другого не оставалось, как прислушиваться к мнению комиссара и выполнять его распоряжения, в противном случае комиссар всегда мог сообщить на командира части "куда следует". Ситуация еще больше обострялась из-за того, что в качестве дополнительного инструмента в проведении чистки, партия использовала комсомол. Комсомол – молодежная организация, куда вступали все молодые солдаты, чей возраст не позволял им непосредственно вступить в ВКП(б). В 1937/38 годах численность комсомола резко возросла. Комсомольские ячейки в армейских частях получили право проводить закрытые собрания, на которых можно было свободно критиковать командиров и комиссаров, а также доносить на них. В некоторых частях рядовые солдаты выходили из под контроля, так как любые методы воздействия на них оборачивались для командиров доносом в органы. Нормальная воинская дисциплина была повсеместно на грани полного разрушения, вся РККА находилась в состоянии глубокого морального разложения. Катастрофа в Финляндии заставила руководство страны начать некоторые реформы в армии. В апреле 1940 года права комиссаров были урезаны. Но психологическое состояние в Красной Армии понесло столь серьезный ущерб, что за несколько месяцев исправить положение не удалось. Продолжала сказываться нехватка опытных офицеров; командирские должности часто доставались некомпетентным и робким людям, умеющим только подчиняться и подобострастно относиться к начальству.
В первые же дни наступления немецкой армии РККА потерпела несколько серьезных поражений и понесла катастрофические потери. За первые пять месяцев боев потери Красной Армии достигли четырех миллионов солдат и офицеров (более миллиона убитыми, почти три миллиона пленными), то есть было потеряно почти 80% личного состава сухопутных войск, имевшегося на начало военных действий и почти 60% от потерь в личном составе за всю войну. Кроме того, РККА потеряла почти 20000 танков, то есть в шесть раз больше, чем имел вермахт перед началом военных действий.