Союз казачьих войск имел исполнительный орган — совет, а «Центроказак» после июля 1917 года — казачий подотдел военного отдела ВЦИК. Судьба распорядилась так, что возглавили обе эти организации оренбуржцы. Во главе совета Союза казачьих войск встал войсковой старшина А. И. Дутов, а подотделом ВЦИК руководил есаул А. Г. Нагаев. Надо полагать, они лично знали друг друга и как офицеры, и как земляки. Тем непримиримее стали их отношения. Дутов обвинял Нагаева «в предательстве интересов казачества», а Нагаев упрекал Дутова в том, что «ему чужды интересы трудовых казаков». Беднейшая прослойка казаков и фронтовики в основной своей массе поддерживали подотдел, а совет Союза казачьих войск имел сторонников в лице зажиточной части казачества и большинства офицеров.
Расслоение казаков в Оренбургском казачьем войске особенно ярко проявилось на войсковых кругах в сентябре и декабре 1917 года. Эти круги, представленные, в основном, делегатами от станиц, показали всю глубину размежевания между стариками и молодежью, между тыловиками и фронтовиками, наконец, между офицерами и рядовыми казаками.
Несмотря на разлад, Первый чрезвычайный круг избрал Дутова атаманом войска, осудил Нагаева «за развал войска» и исключил его из казачьего сословия; проголосовал за продолжение войны с немцами и за быстрейшее избрание Учредительного собрания. Но круг не примирил стороны и не ликвидировал образовавшуюся брешь.
На декабрьском круге казаки трех запасных полков, размещенных в Оренбурге, заявили о недоверии самому кругу и атаману, требуя созыва нового форума с широким представительством от фронтовых и строевых частей. Делегаты вынуждены были признать справедливость этих требований, но отложили решение всех поставленных казаками вопросов до возвращения полков и дивизий с фронта.
После сентябрьского круга Дутов едет в Москву для передачи дел по совету Союза казачьих войск. Совет не принял его отставку: «Не та обстановка!» Так оренбургский атаман оказался при двух должностях. Временное правительство прибавило еще одну, третью — «главноуполномоченный края и Тургайской области по продовольствию, с правами министра» и присвоило звание полковника.
В войско Дутов вернулся 25 октября, в день октябрьского переворота, а на следующий день издал приказ, которым взял на себя «всю полноту власти в войске и губернии», хотя в городе был комиссар Временного правительства. Городская дума и Советы. На фронт командирам частей Дутов направляет циркуляр с требованием возвращаться в войско и непременно с оружием и лошадьми: «Все это, однако, должно делаться так, чтобы не навлечь недоверии со стороны тех организаций, в состав коих входит вверенная вам часть».
Территория Оренбургского казачьего войска, как и других казачьих регионов, стала местом сбора контрреволюционных сил.
Оренбургское казачье войско окончательно раздвоилось в мае-июне 1918 года. Меньшая часть, около 15000 казаков, пошла за красными, а большая, около 45—50 тысяч, осталась в лагере белых.