Наряду с этим, в России остро стояла проблема комплектования офицерского состава и в казачьих войсках. Для ее решения были созданы казачьи юнкерские училища и казачьи отделы при юнкерских училищах.
20 декабря 1867 года по Высочайшему соизволению было открыто Оренбургское казачье юнкерское училище.
В 1868 году был открыт казачий отдел в Варшавском юнкерском училище, образованном 1 января 1865 года.
В 1869 году было открыто Новочеркасское урядничье училище. С 1871 г. оно было переименовано в Новочеркасское казачье юнкерское училище.
В 1874 году был открыт казачий отдел в Иркутском юнкерском училище
В 1876 году был учрежден казачий отдел в Виленском юнкерском училище, образованном 29 октября 1864 года (но еще в 1869 г., в соответствии с указанием Д.А. Милютина при училище открыли урядничье отделение на 20 человек.)
Были открыты также Ставропольское юнкерское казачье училище и казачий отдел при Елисаветградском юнкерском училище.
К середине 70-х гг. XIX в. количество вакансий для казачьих войск только в юнкерских училищах составило 605, что было прогрессом в вопросе комплектования казачьих войск офицерами с военным образованием.
В общем обучение казаков в казачьих юнкерских училищах и казачьих отделах принципиально друг от друга не отличалось, хотя некоторые отличия, естественно, были. Исходили они в основном из следующих особенностей:
1) на территории какого казачьего войска либо округа находилось казачье учебное подразделение и кому соответственно оно напрямую подчинялось (наказной атаман мог задавать определенный тон обучения юнкеров в какой-либо области);
2) географическое положение и отдаленность от центральной России и столицы (те, кто находился ближе, был под непосредственным наблюдением, в отличие, например, от иркутского казачьего отдела, который мог себе позволить и некоторые отступления от правил);
3) финансовыми возможностями войск и училищ (касались условий материального обеспечения);
4) численностью училища (либо штат в 90 юнкеров, как в Иркутском, где все вопросы и сами отношения между офицерами и юнкерами решались проще, либо в Оренбурге, где обучалось 300 юнкеров); или, если казачий отдел, на территории какого юнкерского училища находился (кавалерийского либо пехотного), и многие другие, хотя не столь значимые (личности начальников училищ, других офицеров, преподавателей и т.д.).
Необходимо также упомянуть, что некоторое число выпускников сдавало офицерский экзамен, который сдавали нижние чины, пользующиеся правами по образованию. Но количество таких лиц было очень мало, так как соответствующей подготовки, необходимой для сдачи этого экзамена, казаки не имели.
Для примера: за двадцатисемилетнюю историю Ставропольского казачьего юнкерского училища всего 27 казаков смогло сдать офицерский экзамен и быть удостоенными к производству в офицеры.
Кроме этого, были единичные случаи, когда казаки обучались и не в казачьих юнкерских училищах и отделах, а просто в пехотных юнкерских училищах. Или лица, окончившие юнкерские училища, записывались по выпуску в казачье сословие, продолжая свою службу в казачьих войсках.
Так, известный кубанский историк, статистик и общественный деятель Евгений Дмитриевич Фелицын в 1872 году окончил Тифлисское юнкерское училище, а через три года в чине хорунжего был прикомандирован к Кубанскому казачьему войску.
Итак, можно констатировать, что казачьи юнкерские училища и казачьи отделы при юнкерских училищах выпускали в казачьи войска довольно квалифицированные военные кадры, которые показали себя с наилучшей стороны уже на первом испытании: во время русско-турецкой войны 1877—1878 годов, а впоследствии и в других войнах.